Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?
Depuis une quinzaine d’années, le microbiote intestinal suscite un intérêt scientifique considérable. Cet écosystème, composé de milliers de milliards de micro-organismes – principalement des bactéries, mais aussi des virus et des champignons – qui vivent dans notre tube digestif, participe à de nombreuses fonctions essentielles de notre organisme. En transformant certains constituants de notre alimentation, notamment les fibres, le microbiote produit des métabolites qui nourrissent les cellules intestinales et agissent comme des molécules de signalisation, contribuant ainsi au maintien de la barrière intestinale, et à la régulation de l’immunité, de l’inflammation et du métabolisme énergétique.
Il n’existe toutefois pas un microbiote “idéal” identique pour tous. Sa composition varie selon l’âge, l’alimentation, les traitements médicamenteux, l’environnement et de nombreux autres facteurs. S’il est propre à chaque individu, il évolue aussi constamment au cours de la vie. Il n’est donc pas figé et peut être modulé en agissant sur certaines habitudes de vie.
Qu’appelle-t-on dysbiose intestinale ?
La dysbiose correspond à une altération défavorable de la composition ou du fonctionnement de l’écosystème intestinal. Elle peut associer une diminution de certaines fonctions microbiennes, une moindre diversité, une surreprésentation de micro-organismes potentiellement pathogènes ou une baisse de la capacité de résistance aux perturbations.
Le terme doit être utilisé avec prudence : il ne désigne pas une maladie unique et il n’existe pas, en pratique courante, de seuil universel distinguant un microbiote “normal” d’un microbiote “déséquilibré”. Mêmes des symptômes évocateurs – ballonnements, transit irrégulier ou fatigue – ne suffisent pas à conclure à une dysbiose, car leurs causes sont multiples.
Quelles sont les causes possibles d’un microbiote déséquilibré ?
Le microbiote est dynamique. Sa composition peut être négativement influencée par une alimentation pauvre en fibres et peu variée, un excès d’aliments très transformés, certaines infections, le vieillissement, le manque d’activité physique, le stress chronique ou encore des perturbations du sommeil. Certains médicaments, notamment les antibiotiques, la metformine, les inhibiteurs de la pompe à protons ou les laxatifs, peuvent également modifier plus ou moins durablement le microbiote, avec l’apparition d’effets indésirables comme des troubles digestifs..
Un déséquilibre du microbiote intestinal peut-il être la cause de maladies ?
Des altérations de la composition ou du fonctionnement du microbiote intestinal sont observées dans de nombreuses maladies inflammatoires, métaboliques ou neurologiques, sans que l’on puisse déterminer si elles constituent une cause, une conséquence ou un phénomène associé.
Microbiote intestinal, obésité et perte de poids : que sait-on vraiment ?
De nombreuses études cliniques ont rapporté des différences de composition entre le microbiote de personnes en situation d’obésité et celui de personnes de poids normal. Une faible richesse en gènes microbiens – traduisant une moindre diversité en microorganismes intestinaux – est plus fréquemment observée chez les personnes atteintes d’obésité, notamment lorsqu’elles présentent des anomalies métaboliques associées [1, 2]. Leur réponse à une intervention diététique en serait même limitée, les confrontant ainsi à une sorte de résistance à la perte de poids.
Ces résultats ne signifient pas qu’un microbiote déséquilibré est responsable à lui seul de l’obésité mais il est fort probable qu’il y contribue. Les relations sont bidirectionnelles : l’alimentation, l’adiposité, les médicaments et le mode de vie modifient le microbiote, qui peut à son tour influencer le métabolisme énergétique et l’inflammation.
Quel lien existe-t-il entre microbiote intestinal et diabète de type 2 ?
Le diabète de type 2 est principalement caractérisé par une résistance à l’action de l’insuline, puis par une capacité insuffisante du pancréas à compenser. Les personnes concernées présentent fréquemment des modifications du microbiote et de ses fonctions métaboliques [3].
Mais là encore, cette association ne prouve pas qu’une dysbiose cause la maladie.
La metformine illustre bien cette complexité : ce traitement antidiabétique très efficace modifie lui-même le microbiote intestinal [4]. Une partie de ses effets thérapeutiques, et peut-être aussi de certains de ses effets indésirables digestifs, pourrait passer par ces changements.
Prébiotiques, probiotiques, symbiotiques et postbiotiques : quelles différences ?
| Terme | Définition simple |
| Prébiotique | Substrat utilisé sélectivement par les micro-organismes de l’hôte et procurant un bénéfice pour la santé. Un prébiotique est constitué de fibres alimentaires – inuline, fructo-oligosaccharides, galacto-oligosaccharides – qui stimulent sélectivement la croissance et/ou l’activité de certaines bactéries intestinales. Toutes les fibres ne sont pas automatiquement des prébiotiques. |
| Probiotique | Micro-organisme vivant qui, administré en quantité adéquate, procure un bénéfice pour la santé. Le bénéfice dépend de la souche, de la dose et de l’indication étudiée. Un yaourt fermenté n’est pas automatiquement un probiotique. |
| Symbiotique | Mélange de micro-organismes vivants et de substrat(s) utilisé(s) sélectivement par des micro-organismes, apportant ensemble un bénéfice. Un symbiotique est une association de probiotiques et prébiotiques. |
| Postbiotique | Préparation de micro-organismes inactivés et/ou de leurs composants procurant un bénéfice pour la santé. Il ne s’agit ni de bactéries vivantes ni de métabolites purifiés seuls. Le niveau de preuve clinique reste variable selon les produits. |
Comment prendre soin de son microbiote au quotidien ?
Augmenter progressivement la consommation de végétaux
Les fibres sont les substrats des bactéries intestinales, qui en utilisent une partie pour produire des métabolites actifs : les fameux acides gras à chaîne courte. Variez légumes, fruits entiers, légumineuses, céréales complètes, fruits à coque et graines plutôt que de rechercher un seul “superaliment”. Augmentez les quantités progressivement et hydratez-vous suffisamment afin de limiter d’éventuels ballonnements.
Ajouter des aliments prébiotiques à son alimentation
Ail, oignon, poireau, asperge, artichaut, chicorée, légumineuses, avoine, orge… tous ces aliments apportent aux bactéries déjà présentes différents substrats fermentescibles. Il n’y a que des avantages à les intégrer dans une alimentation globale équilibrée.
Consommer des aliments fermentés
Yaourt avec ferments vivants, kéfir, choucroute non pasteurisée, kimchi ou certains légumes fermentés peuvent contribuer à la diversité du microbiote.
Bouger régulièrement et limiter la sédentarité
L’activité physique régulière est associée à un meilleur profil microbien du microbiote intestinal, mais une partie de cette relation dépend aussi de l’alimentation et de la composition corporelle. Pour la santé globale, alternez endurance, renforcement musculaire et mouvements au cours de la journée, selon vos capacités.
Préserver le sommeil et mieux gérer le stress
Le sommeil, les rythmes circadiens, le stress et l’intestin interagissent. Des horaires de lever et coucher aussi réguliers que possible, une exposition à la lumière le matin, une réduction des écrans le soir, des techniques simples de relaxation ou des compléments nutritionnels peuvent aider. Ces mesures améliorent surtout la santé générale ; leurs effets précis sur le microbiote restent encore difficiles à individualiser.
Éviter les perturbations inutiles
N’utilisez pas d’antibiotiques sans prescription et évitez le tabac ainsi que les excès de sucres et d’alcool. Une alimentation peu diversifiée peut aussi réduire la variété des substrats disponibles pour le microbiote. Si vous surveillez votre poids, ne sombrez pas pour autant dans la monotonie alimentaire et préparez-vous des assiettes colorées.
Penser à la supplémentation
Une supplémentation en prébiotiques, probiotiques, symbiotiques ou postbiotiques peut être envisagée pour favoriser un microbiote équilibré et diversifié. Il est cependant essentiel de choisir un produit de qualité, dont les souches, les doses et les effets ont été clairement documentés pour l’objectif recherché. Ces produits ne remplacent pas une alimentation variée, nutritive et suffisamment riche en fibres : ils doivent toujours s’inscrire en complément de bonnes habitudes alimentaires.
Peut-on tester son microbiote intestinal ?
Les tests commerciaux décrivent surtout les micro-organismes détectés dans un échantillon de selles à un moment donné. Les méthodes, bases de comparaison et interprétations varient, et l’analyse de la composition fécale ne permet pas d’évaluer toutes les fonctions de l’intestin.
Hors indications spécialisées, ces tests ne permettent généralement ni de diagnostiquer une dysbiose, ni de choisir de façon fiable un régime ou un complément personnalisé.
En résumé
Le microbiote intestinal ne constitue ni une cause unique de l’obésité ou du diabète, ni une cible que l’on pourrait “réinitialiser” en quelques jours. La stratégie la plus solide repose sur une alimentation diversifiée et riche en végétaux, une activité physique régulière, un sommeil suffisant, une gestion efficace du stress et un usage raisonné des médicaments. Les prébiotiques, probiotiques, symbiotiques ou postbiotiques peuvent compléter cette base lorsqu’un produit est conçu de façon à répondre à un objectif précis et dispose de données attestant de son efficacité.
Références scientifiques
- Cotillard et al. Dietary intervention impact on gut microbial gene richness. Nature 2013;500(7464):585-8
- Le Chatelier et al. Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers Nature 2013;500(7464):541-6
- Aydin et al. The Gut Microbiome as a Target for the Treatment of Type 2 Diabetes. Curr Diab Rep 2018;18:55
- Wu et al. Metformin alters the gut microbiome of individuals with treatment-naive type 2 diabetes, contributing to the therapeutic effects of the drug. Nat Med 2017;23(7):850-858
Comment savoir si mon microbiote est déséquilibré ?
Il n’existe pas de symptôme ni de test grand public permettant à lui seul d’affirmer que le microbiote est équilibré ou de diagnostiquer une dysbiose. Des troubles persistants doivent conduire à rechercher d’abord une cause alimentaire ou médicale.
Les aliments fermentés remplacent-ils les probiotiques ?
Non. Ils peuvent contenir des micro-organismes vivants, mais ne répondent au terme probiotique que si un bénéfice a été démontré pour les micro-organismes présents, à une dose adéquate.
Les postbiotiques sont-ils plus efficaces que les probiotiques ?
On ne peut pas l’affirmer. Ils présentent des caractéristiques différentes, notamment l’absence de micro-organismes vivants, mais leur efficacité doit être démontrée produit par produit.
Dois-je arrêter mon antibiotique si j’ai des effets indésirables digestifs ?
Non, n’arrêtez pas votre antibiotique de votre propre initiative. Des diarrhées, des nausées ou des douleurs abdominales peuvent survenir pendant le traitement : demandez alors conseil à votre médecin ou à votre pharmacien, qui évaluera s’il doit être poursuivi, adapté ou remplacé. Consultez rapidement en cas de diarrhée importante ou persistante, de sang dans les selles, de fièvre, de douleurs intenses ou de signes de déshydratation.
